Il museo, allestito all'interno del duecentesco convento agostiniano, si articola intorno ai due chiostri all'ombra del campanile colorato di azulejos arabeggianti.
La collezione raccoglie il ricchissimo patrimonio di sculture medievali appartenenti a chiese andate distrutte a causa dei drastici interventi ottocenteschi o dei bombardamenti del secondo conflitto mondiale, come il complesso di San Tommaso, di San Francesco in Castelletto e di San Michele.
Opere da non perdere
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monumento funebre dell'imperatrice Margherita di Brabante di Giovanni Pisano (1248 ca.-1315 ca.)
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Affreschi del 1292 di Manfredino da Pistoia (allievo di Cimabue)
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Lapide sepolcrale dei fratelli Percivalle Lercari, pregiato manufatto di arte suntuaria (1259)